La localidad de Allen comparte, como la mayoría de las localidades del norte patagónico, su pasado vinculado con la Campaña del Desierto de finales del siglo XIX. La población que fue habitando estas lejanas tierras, como consecuencia de las irregulares relaciones existente en esa época con Chile, provenía especialmente de guarniciones militares localizadas en las ciudades de Mendoza y Buenos Aires. Los principales asentamientos en aquellos momentos lo conformaban las actuales ciudades de Neuquén y General Roca. En estos lejanos tiempos, se encontraba el Sr. Tomas Maza, un criador de ganado mular, quien en sus relaciones comerciales con el Ejército Argentino, recibió 200 hectáreas sobre lo que actualmente se encuentra la ciudad de Allen.
No pasaría mucho tiempo para que integrantes de las distintas colonias cercanas se instalaran en inmediaciones de las tierras de Maza. Estas primeras instalaciones, en su mayoría precarias, atraerían a nuevos aventureros, esta vez provenientes del viejo continente, que hicieron de estas inhóspitas tierras, su hogar.
En los primeros años del siglo XX, la distancia entre centros poblados, impedía un desarrollo continuo de estas poblaciones. Sólo el esfuerzo de estos primeros inmigrantes, en su mayoría de procedencia española e italiana, sería capaz de mantener el asentamiento de forma permanente.
La decisión de la creación de la ciudad estuvo muy ligada a la crecida del río Negro, que en el año 1899 devastó a la que en ese entonces era la población de Guerrico. La tremenda inundación modifico las intenciones de entrega de tierras para una eventual reconstrucción de la localidad del este. La actual localización de la ciudad de Allen fue la solución, luego de la crecida, para encontrar terrenos más aptos para la población, por ser allí la zona más alta, y menos proclive a sufrir ante las frecuentes inundaciones.

Entre los primeros pobladores se destacarán los hermanos Sorondos, quienes con Tomás Maza serían los precursores de la fundación y la actual ubicación de esta ciudad.
Las cercanas relaciones que poseía la familia Sorondo con el gobierno nacional de esa época, darán un fuerte impulso al desarrollo de la zona. A ellos también se deberá la creación de la bodega más importante de la región.
La fundación de Allen se daría poco tiempo después de la creación de la estación del tren, siendo el 29 de Septiembre de 1910 que se firmara el decreto presidencial donde se aprueban las mensuras de la futura localidad. Dicho Decreto obligaba a que las construcciones fueran realizadas en material, cuestión que provocaría la particularidad de la ausencia de ranchos.
Siendo este el año del centenario del primer gobierno patrio, se tomará al 25 de Mayo de 1910 como fecha de fundación de la ciudad.
En el devenir de los años la ciudad adquirió su perfil de importante centro frutícola, que la llevó a posicionarse como la principal localidad productora de peras del mundo.